Notre objectif est d’établir un diagnostic de tumeur primaire rapide pour les patients atteints de CUP via le profilage moléculaire de leur sang et d’identifier les altérations moléculaires exploitables. Comme l’accès à des tissus de bonne qualité pour le profilage moléculaire reste un défi important dans le CUP, nous nous concentrons sur une approche de biopsie liquide. Nous avons développé une approche de profilage de méthylation de l’ ADN sans circulation (cfDNA) du génome entier robuste, sensible et reproductible (T7- MBD -seq) (par exemple, Chemi et al. 2022) et avons développé notre flux de travail pour générer un apprentissage automatique hautement spécifique. Tissu d’origine ( TOO ) classificateurs pour la détermination de la tumeur primaire. Nous avons appliqué cette biopsie liquide à une cohorte pilote de patients atteints de CUP dans une étude de preuve de concept. Nos travaux préliminaires ont révélé des types de tumeurs couramment prédits au sein de la cohorte CUP qui justifient désormais une caractérisation plus poussée.
Dans ce projet de thèse, l’étudiant optimisera et déploiera notre TOObiopsie liquide pour étendre et valider l’utilité clinique potentielle du profilage moléculaire de l’ADNc à partir d’un seul prélèvement sanguin chez les patients atteints de CUP . Ils combineront la mutation génétique et l’analyse du nombre de copies avec la prédiction TOO dans une plus grande cohorte de patients atteints de CUP . L’amélioration de notre prototype de classificateur TOO de méthylation de l’ADNct et le développement d’une approche multimodale amélioreront notre capacité à identifier les patients qui pourraient être reclassés et potentiellement stratifiés vers des thérapies alternatives dans ce groupe de cancers difficiles à traiter, ainsi qu’à caractériser davantage potentiellement sous-types « favorables » de CUPqui pourraient être stratifiés à de meilleures thérapies. Ce projet offre l’opportunité de travailler dans un domaine où les besoins cliniques ne sont pas satisfaits, avec de nouvelles technologies de biopsie liquide et de développer des compétences bioinformatiques de base aux côtés d’une équipe d’experts en bioinformatique.
Les demandes informelles doivent être adressées au Dr Dominic Rothwell ou au Dr Alicia Marie Conway à dominic.rothwell@cruk.manchester.ac.uk ou alicia-marie.conway@cruk.manchester.ac.uk
Les étudiants intéressés peuvent trouver les critères d’entrée et les détails sur la façon dont pour postuler sur le site Web du CRUK Manchester Institute à l’adresse:
https://www.cruk.manchester.ac.uk/Education/PhD-2023-Apply
Date limite de candidature: vendredi 9 décembre 2023, 1700 heures ( GMT ).
Date de l’entretien : mardi 17 février 2023, Alderley Park, Cheshire.
Veuillez postuler via le site Web du recruteur