Ifremer offre des Bourses de recherche Post-Doc

Référence : PV-2023-1338/1

Département/Bureau :

Durée du contrat : 18 mois

Date de début:

Date limite de candidature : 06/08/2023

L’Institut et le service recrutement

Pionnier des océans, la recherche de pointe de l’Ifremer est ancrée dans le développement durable et la science ouverte. Notre vision est de faire progresser la science, l’expertise et l’innovation pour :

– Protéger et restaurer l’océan

– Utiliser durablement les ressources marines au profit de la société

– Créer et partager des données, des informations et des connaissances sur l’océan.

Avec plus de 1 500 personnels répartis sur le littoral français dans plus de 20 sites, l’Institut explore les 3 grands océans : les océans Indien, Atlantique et Pacifique. Leader des sciences océaniques, l’IFREMER gère la Flotte océanographique française et ses scientifiques dédiés créent une technologie révolutionnaire pour repousser les limites de l’exploration et de la connaissance des océans, des abysses à l’interface atmosphère-océan.

Bien implantés dans la communauté scientifique internationale, nos scientifiques, ingénieurs et techniciens s’engagent à faire progresser les connaissances sur les dernières frontières inexplorées de notre planète. Ils fournissent la science dont nous avons besoin pour une prise de décision et une politique publique éclairées et ils transfèrent ces connaissances et cette technologie aux entreprises pour répondre aux besoins publics et privés. Au cœur de notre mission est également de renforcer la sensibilisation du public à l’importance de comprendre l’océan et ses ressources, et de responsabiliser les futures générations de dirigeants par le biais de campagnes nationales d’éducation et de sensibilisation.

Créé en 1984, l’IFREMER est un organisme public français et son budget avoisine les 240 millions d’euros. Il est placé sous la tutelle conjointe du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, du ministère de la Mer, du ministère de la Transition écologique et solidaire et du ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.

Domaines généraux de responsabilité

Les objectifs de l’unité Microbiologie Alimentation Santé et Environnement (MASAE) sont d’étudier la diversité et l’évolution des micro-organismes d’origine anthropique ou marine présents dans le milieu côtier et dans les aliments d’origine marine, de comprendre leurs effets sur la qualité/ sécurité des produits qui en sont dérivés.

Le Laboratoire Santé Environnement et Microbiologie (LSEM) développe des activités de recherche liées aux microorganismes pathogènes pour l’Homme (principalement virus et bactéries) dans le continuum terre-mer et les coquillages, pour comprendre les mécanismes de transfert, de persistance ou d’émergence au sein du milieu côtier. Les recherches menées au LSEM, situé à l’interface de la santé humaine et de la qualité microbiologique du littoral, s’appuient sur des activités de référence (le LSEM est le Laboratoire National de Référence (LNR) pour la microbiologie des coquillages), et sur la connaissance des qualité du littoral (le LSEM coordonne le REMI, réseau dédié à la surveillance microbiologique des coquillages et aux études sanitaires).

Placé sous la responsabilité hiérarchique du responsable du LSEM, il/elle sera en charge du projet de recherche faisant partie du consortium OBEPINE ‘étude de la diversité génomique du virus de l’hépatite E et du norovirus dans les eaux usées humaines et les eaux usées d’abattage’ mis en place en collaboration avec Nancy universitaire (LCPME).

Domaines généraux de responsabilité

Les recherches porteront sur l’analyse des caractéristiques des souches bactériennes d’intérêt de santé publique (loisirs ou consommation de coquillages) : évaluation des mécanismes liés à la virulence, à la pathogénicité, à l’adaptation aux niches et à la persistance dans l’environnement, ou à la résistance aux antibiotiques. En lien avec les travaux développés au LSEM sur l’analyse de la flore microbienne (bactéries et virus), elle contribuera à l’identification des facteurs du microbiome favorisant l’émergence de souches bactériennes pathogènes pour l’Homme dans une approche one-health. Ces activités de recherche contribueront à l’expertise du laboratoire dans le cadre de ses missions LNR.

Activités principales

Développer des méthodes efficaces pour concentrer les virus et extraire/purifier les acides nucléiques viraux, à partir de grands volumes d’eaux usées troubles.
Optimiser les approches métagénomiques ciblées pour caractériser les génotypes de NoV présents dans les eaux usées. Cela nécessitera la sélection de jeux d’amorces pour amplifier les régions de typage des NoV, et développer une méthode sensible évitant la formation de chimères, et de préférence quantitative, en utilisant des échantillons artificiels de composition connue, basée sur les travaux antérieurs de l’équipe. Cette approche sera ensuite validée à l’aide d’ARN extraits d’eaux usées urbaines et d’abattoirs, et de produits PCR séquencés à l’aide de deux plateformes NGS, les technologies Illumina et Oxford Nanopore. Ces données permettront de documenter la diversité des souches humaines et porcines de NoV circulant dans deux régions françaises.

Environnement de travail collaboratif

Relation de collaboration interne : le laboratoire, l’unité et les autres microbiologistes du département et de l’institut.
Relation collaborative externe : membres de l’équipe LCPME et autres partenaires du réseau Obepine.

Connaissances, compétences et caractéristiques requises

Doctorat en microbiologie (obtenu il y a 3 ans maximum)
Expérience de travail avec des virus humains attendue

Connaissances, compétences et caractéristiques requises

Connaissances, compétences et capacités

Connaissances en microbiologie (virologie),
Biologie moléculaire, métagénomique
Analyses bioinformatiques,
Rédaction, gestion de projet et exploitation (publications & congrès)
Maîtrise de l’anglais (oral et écrit),

Qualités humaines personnelles

Rigueur scientifique, autonomie, dynamisme, curiosité,
Sens des responsabilités,
Sens du relationnel, de la communication et de la pédagogie,
Capacité à travailler au sein d’un groupe de recherche

Conditions de travail particulières

À temps plein
18 mois

Comment postuler à ce poste

Date limite de candidature : 08/08/2023

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