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Bourses de Formation sur la Génomique de 3e Génération – Nairobi, Kenya

Le hub Biosciences Afrique orientale et centrale – Institut international de recherche sur l’élevage (BecA-ILRI) (Nairobi, Kenya), en partenariat avec ses partenaires basés au Royaume-Uni, le John Innes Centre (JIC), l’Earlham Institute (EI) et Oxford Nanopore Technologies ( ONT), lance un programme de formation intensive en génomique et bioinformatique, appelé Génomique de troisième génération et bioinformatique pour les agro-sciences en Afrique .

À propos des partenaires

Faisant partie de l’ Institut international de recherche sur l’élevage (ILRI) et situé à Nairobi, au Kenya, le Hub Biosciences Afrique orientale et centrale ( BecA-ILRI Hub) est une co-création de l’ILRI et de l’Union africaine. Créé en 2003, le Hub a pour mission de renforcer les capacités des pays africains en matière de biosciences pour la recherche agricole. Pour remplir sa mission, le Hub BecA-ILRI soutient ses activités à travers trois piliers: l’excellence dans la recherche, les plateformes technologiques de classe mondiale et le renforcement des capacités de bout en bout. Alors que le consortium CGIAR se transforme en OneCGIAR plus intégré, le Hub BecA-ILRI se transforme également fièrement en le centre OneCGIAR Biosciences pour l’Afrique, grâce auquel il renforcera sa capacité à accélérer la recherche agricole et à la traduire dans les domaines et les marchés du continent .

Le John Innes Center (JIC) est un centre d’excellence international et indépendant en phytologie, génétique et microbiologie. Le Centre encourage une approche créative et curieuse des questions fondamentales de la bio-science, en vue de les traduire en bénéfices sociétaux. Au cours des 100 dernières années, JIC a réalisé une série de percées fondamentales, entraînant des impacts sociétaux majeurs. JIC est un partenaire à long terme du Hub BecA-ILRI à travers son Alliance pour l’amélioration accélérée des cultures en Afrique (ACACIA) qui vise à donner à la communauté de recherche africaine les moyens d’entreprendre des recherches agricoles de pointe en Afrique pour résoudre les problèmes africains. Le John Innes Center est basé sur le Norwich Research Park (Norwich, Royaume-Uni).

L’ Institut Earlham (EI) est un institut de recherche axé sur l’exploration des systèmes vivants en appliquant la science informatique et la biotechnologie pour répondre à des questions biologiques ambitieuses et générer des ressources habilitantes. Dans un monde où les progrès technologiques dans le séquençage de l’ADN ont entraîné des augmentations en plusieurs étapes du taux d’acquisition de données à des coûts réduits à un point tel que les technologies de séquençage peuvent maintenant être appliquées de manière abordable et efficace aux questions de recherche dans les sciences biologiques. L’IE a été créée en tant qu’installation nationale pour promouvoir l’utilisation de la génomique pour faire progresser la recherche et l’innovation en bioscience au Royaume-Uni, en soutenant les chercheurs universitaires et industriels. L’Institut Earlham est basé sur le Norwich Research Park (Norwich, Royaume-Uni).

Technologies d’Oxford Nanopore (ONT)a été fondée en 2005 pour développer un système de détection électronique à molécule unique basé sur la science des nanopores. Le premier produit, MinION, a été introduit en accès anticipé en 2014 et mis sur le marché en 2015. Le GridION à plus grande échelle a été lancé commercialement en 2017 et PromethION en 2018, avec le plus gros appareil, le PromethION 48, livré pour la première fois en 2019. Flongle , l’adaptateur pour MinION / GridION pour des tests rapides, moins chers et plus petits a été lancé en 2019. ONT dispose d’un riche pipeline de développement qui comprend des solutions pour permettre à tout utilisateur, n’importe où, y compris le SmidgION compatible avec les téléphones mobiles et la préparation d’échantillons portable à faible coût Ubik. L’ONT compte désormais plus de 1 400 brevets et demandes de brevet dans 200 familles de brevets, et est l’un des deux leaders mondiaux des solutions génomiques de troisième génération.

Contexte et objectif

Les partenaires ont une longue expérience dans le développement des capacités pour appliquer les biosciences agricoles en Afrique. Nous sommes conscients des goulots d’étranglement actuels dans la recherche scientifique pour l’amélioration de l’agriculture africaine, dont l’un est le manque de compétences en analyse de données biologiques. Par conséquent, en 2018, avec nos partenaires du JIC et de l’IE, nous avons lancé la communauté de pratique ABCF Bioinformatics(BixCoP), une formation résidentielle de huit mois qui a donné à 14 scientifiques en début de carrière de huit pays africains la chance d’acquérir et d’appliquer des compétences essentielles dans l’analyse de données bioinformatiques, y compris la programmation (Linux et shell scripting / Python / R), les analyses NGS, génétique quantitative et phylogénétique. Nous avons également organisé un module de formation des formateurs pour préparer officiellement les stagiaires à diffuser leur expertise dans leurs propres communautés. Cette formation a été largement saluée pour sa qualité. Plus de détails sur BixCop peuvent être trouvés ici .

Le monde de la génomique est ébranlé par une révolution provoquée par une nouvelle génération de dispositifs de séquençage portables et polyvalents de troisième génération qui augmentent radicalement la capacité des chercheurs à générer et analyser des données génomiques de haute qualité, induisant un changement de paradigme en cours de route. nous examinons les génomes complets et leurs variations. Conscient de ces avancées, le Hub BecA-ILRI propose désormais un nouveau programme de formation pour doter les scientifiques africains des compétences nécessaires pour déployer la génomique de troisième génération, en particulier pour les agro-sciences. La formation se concentrera largement sur les plates-formes de séquençage Nanopore, mais un contexte général sur d’autres plates-formes de séquençage sera fourni. La formation est conçue en trois phases, les deux premières étant résidentielles à ILRI (Nairobi, Kenya), et une troisième phase se déroulant à distance dans les institutions d’origine des participants.

  1. Phase de développement : pendant quatre mois, les participants seront exposés à des modules de formation approfondie sur les compétences en biologie moléculaire et en bio-informatique pour le séquençage de 3e génération (protocoles d’extraction d’ADN de haut poids moléculaire, ligne de commande Unix, programmation Python, génomique de 2e et 3e génération, théorie et pratique de l’assemblage du génome, etc.). Ces modules de formation comprendront des conférences formelles et une fraction importante de sessions pratiques. Outre la série de conférences dispensées par des scientifiques de renommée internationale, une équipe de tuteurs (comprenant des stagiaires du BixCoP 2018-2020) assurera une supervision ad hoc aux stagiaires lors d’exercices individuels et de groupe.
  2. Phase de démonstration : entrelacée avec laphase de développement et s’étendant sur 1,5 mois au-delà, cette phase verra les stagiaires s’engager dans un apprentissage par projet, en s’appuyant sur les compétences acquises pendant laphase de développement et en démontrant leur utilisation dans des projets de recherche réels génomique pour l’agriculture ou la conservation co-conçue avec l’équipe de formation.
  3. Phase de déploiement : au cours de cette dernière phase de la formation, les stagiaires retourneront dans leur établissement d’origine, où ils lanceront une petite unité de génomique de troisième génération et mettront en œuvre un projet de recherche pour relever les défis agricoles en rapport direct avec leur pays ou leur région d’origine. Dans la mesure du possible, ce projet sera intégré dans des partenariats de recherche avec ILRI ou un autre institut OneCGIAR dans le pays d’origine. Les stagiaires bénéficieront du soutien de mentors hautement expérimentés du BecA-ILRI Hub, de ses partenaires basés au Royaume-Uni et du consortium One CGIAR.

Ce projet de formation proposera une dizaine de bourses seulement : en ligne avec notre expérience avec le programme Bioinformatics CoP, nous nous concentrerons sur la qualité du programme de formation et la cohésion interne dans la cohorte de stagiaires, plutôt que sur les effectifs. Avec un accompagnement adapté aux stagiaires tout au long du déploiementphase, nous prévoyons que cette formation aura des effets d’entraînement, les stagiaires retournant dans leurs institutions d’origine pour devenir des leaders émergents dans les domaines de la génomique et de la bioinformatique: «former quelques-uns à avoir un impact sur le plus grand nombre». Par conséquent, les candidatures seront examinées rigoureusement, dans le but de recruter les meilleurs candidats dans les institutions d’origine les plus engagées avec les projets de recherche les plus prometteurs et les plus percutants. Dans ce cadre, les examinateurs porteront une attention particulière à l’équilibre entre les sexes et la géographie.

Coûts / financement

Grâce au financement du Conseil britannique de recherche en biotechnologie et en sciences biologiques (BBSRC) et du Département du développement international (DfID, maintenant FCDO), de la Fondation Bill et Melinda Gates et d’Oxford Nanopore Technologies, tous les coûts liés à la formation résidentielle ( phases de développement et de démonstration ) seront pris en charge par le programme , y compris les billets d’avion aller-retour depuis le pays de résidence, les frais d’hébergement à Nairobi et une allocation mensuelle couvrant les frais de séjour.

Les coûts hors de la période de formation résidentielle (c.-à-d. Phase de déploiement ) ne seront pas couverts par le programme de formation. On s’attend à ce que les établissements d’origine des stagiaires démontrent leur implication dans le programme de formation en s’engageant formellement à aider le stagiaire de retour à établir une plate-forme de séquençage minimale de troisième génération basée sur le système Oxford Nanopore MinION (ou tout autre système de troisième génération). technologie de séquençage) tout au long du déploiementphase. Les coûts de configuration initiaux dépendront de l’objectif et de l’échelle de la plate-forme, mais seront probablement de l’ordre de 5 000 à 10 000 USD, sans compter les frais de personnel. Veuillez noter qu’il s’agit de fonds que l’établissement du candidat (avec ses collaborateurs et partenaires potentiels) s’engage à investir dans sa propre plateforme de recherche, PAS des frais à payer pour que le candidat participe au programme. Ces fonds ne doivent pas nécessairement être disponibles au moment de la candidature, mais une lettre d’engagement signée par l’autorité compétente au sein de l’établissement du candidat doit être jointe. Il est conseillé aux candidats de commencer le processus d’obtention de cet engagement de leurs établissements suffisamment tôt pour qu’il soit approuvé à temps pour la date limite de candidature.Nous encourageons le développement de collaborations avec des projets nationaux menés par ILRI ou un autre institut OneCGIAR , pour aborder les questions de recherche ayant un impact direct des technologies de séquençage de troisième génération sur la production agricole. Ce type de travail comprend des projets sur le développement de ressources génétiques pour les cultures et les races sous-utilisées, sur le diagnostic des maladies sur le terrain, sur la découverte de variations structurelles génomiques liées à des maladies ou des traits de productivité, etc.

Exigences pour les candidats

Afin de guider les candidats potentiels, nous avons défini les exigences suivantes, énumérées sans ordre particulier:

  1. L’appel est ouvert aux citoyens des pays africains affiliés à une institution de recherche sur le continent. Les candidats devront démontrer le soutien actif de leur institution d’origine. Par «accompagnement», nous entendons un soutien administratif et financier, un engagement exemplaire à décharger les candidats des tâches professionnelles qu’ils auraient à effectuer pendant la durée de la formation, un soutien financier pour aider le stagiaire de retour à monter son projet de recherche en phase de déploiement , engagement à fournir au stagiaire un environnement propice à ces activités de recherche ainsi qu’aux prochaines activités de formation locales menées par le stagiaire en coordination avec l’équipe de gestion du programme, etc.
  2. L’établissement d’origine du candidat doit déjà disposer d’un laboratoire de biologie moléculaire minimal, doté d’un équipement de base pour l’extraction d’ADN et le contrôle de la qualité, la réaction en chaîne par polymérase (PCR) et l’électrophorèse sur gel.
  3. L’établissement d’origine du candidat doit s’engager à s’équiper d’un starter pack MinION ou de tout autre dispositif de séquençage permettant le séquençage natif d’une seule molécule, ainsi que s’engager à soutenir le stagiaire de retour avec les autres frais de démarrage de son projet Deploy (cf. «Coûts / Financement» ci-dessus).
  4. Les candidats doivent avoir en tête un projet bien pensé, à travers lequel ils utiliseront la génomique à lecture longue dès leur retour dans leur établissement d’origine ( phase de déploiement )
  5. Les candidats doivent avoir obtenu une maîtrise en sciences biologiques, en génétique, en bioinformatique, en biostatistique, en biotechnologie, en sciences agricoles ou dans d’autres domaines connexes.

comment s’inscrire

Les candidatures seront reçues en ligne uniquement. Les candidats sont invités à cliquer ici ou sur le bouton «Postuler maintenant» en haut de cette page, à remplir le formulaire et à télécharger les pièces justificatives suivantes:

  1. Un curriculum vitae ou un curriculum vitae ( maximum 3 pages A4 : sachez que nous ne lirons que les trois premières pages si le fichier téléchargé est plus long).
  2. Relevé de notes du diplôme le plus élevé obtenu dans l’un des domaines mentionnés au point (5) de la liste de la section précédente
  3. Une lettre de motivation personnelle ( maximum 1 page A4 ) adressée au responsable du développement des capacités d’ILRI soulignant les caractéristiques clés du candidat qui en font le candidat idéal pour ce programme
  4. Une lettre de soutien ( maximum 1 page A4 ) signée et tamponnée par une personne senior de l’établissement d’origine, par exemple un directeur, chef de département ou chef de groupe capable d’engager des fonds de recherche, indiquant le soutien comme illustré au point (3) de la liste dans la section précédente. Voir également la section Coûts / Financement à ce sujet.

En cas de questions qui ne sont pas traitées par les présentes directives de candidature, les candidats potentiels peuvent adresser ces questions à « ILRIGenomicsCoP à cgiar.org », et nous vous répondrons une ou deux fois par semaine via la FAQ au bas de cette page.

Chronologie

L’appel est ouvert jusqu’au 31 octobre 2020, 23h59 UTC.

Un processus d’examen approfondi, comprenant au moins un entretien des candidats présélectionnés ainsi qu’un engagement de plus haut niveau visant à évaluer l’état de préparation, la capacité et la volonté de l’établissement d’origine d’investir dans le candidat et son projet, sera mené en novembre et décembre 2020. Les notifications des candidatures retenues doivent être envoyées vers la fin de l’année.

La formation résidentielle commencera à Nairobi en avril 2021 .

Veuillez noter que le calendrier ci-dessus n’est qu’indicatif et peut être affecté par la pandémie de Covid-19 en cours. Les candidats retenus recevront une confirmation de la date de début plus proche du début du programme.

Foire Aux Questions (FAQ)

Q: Cette formation est-elle ouverte uniquement aux candidats travaillant dans des domaines liés à l’agriculture, ou accepterez-vous des candidats ayant d’autres intérêts scientifiques, par exemple la santé publique?

R: L’ILRI et les instituts One CGIAR se concentrent sur le développement de solutions durables pour l’amélioration de l’agriculture dans les pays à revenu faible et intermédiaire du monde entier. Par conséquent, notre mission est centrée sur les sciences agricoles . Nous accueillerons également dans ce programme un nombre limité de participants travaillant sur des études One Health (y compris des travaux sur les agents pathogènes ou contaminants affectant le bétail, les cultures ou les produits alimentaires transformés) ou sur la conservation des espèces indigènes africaines avec un potentiel de transfert de caractères vers augmenter la productivité des espèces pertinentes pour l’agriculture. Malheureusement, nous ne pouvons pas recevoir d’applications dépassant ce champ déjà large.

Q: Cette formation est-elle ouverte aux doctorants actuels?

R: Il s’agit d’une formation résidentielle avec une composante non résidentielle importante ( phase de déploiement ) structurée autour d’un projet développé en partenariat avec une ou plusieurs institutions de recherche. Sous la double condition que (a) le doctorant soit pleinement disponible pour la partie résidentielle de la formation; et (b) leur projet Deploy s’inscrit dans le cadre de leur projet de doctorat , nous considérerons favorablement leur candidature.

Q: Un candidat doit-il être actuellement employé dans une institution? Ne peuvent-ils pas simplement être un consultant pour une institution désireuse de développer une capacité interne en génomique de troisième génération?

R: La clé de ce programme est le renforcement des capacités durables et durables . C’est pourquoi nous voulons travailler avec des institutions bien établies en Afrique, que ce soit au niveau régional, national ou international. Mais vous n’avez pas besoin d’être employé dans une institution au moment où vous postulez . Dans le cas où le jury de recrutement voit une opportunité véritablement intéressante dans la proposition de projet d’un candidat, le processus de sélection nous permettra d’essayer d’établir des partenariats (par exemple avec les centres One CGIAR) afin que vos projets trouvent un foyer, avec des institutions capables de le soutenir et éventuellement vous embaucher, le demandeur, dans une certaine qualité.

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